Астана медицина университеі

«Астана медицина университеі»

“Молекулалық биология, гистология, цитология

және генетика” кафедрасы

СӨЖ

Тақырыбы: Медицинадағы биоинформатика сұрақтары.

Нұр-Сұлтан 2019 ж

Биоинформатика биологияның көптеген бағыттарының маңызды бөлігіне айналды. Эксперименттік молекулалық биологияда бейнелеу және сигналды өңдеу сияқты биоинформатика әдістері кіріс деректерінің көп мөлшерінен пайдалы нәтижелер береді. Генетика және геномика саласында биоинформатика геномдар мен байқалған мутацияларды реттеуге және аннотациялауға көмектеседі.

Гендерді талдауда, ақуызды білдіруде және реттеуде маңызды рөл атқарады.

БИОИНФОРМАТИКА- әдістер мен тәсілдер жиынтығы, соның ішінде:

Салыстырмалы геномикадағы компьютерлік талдаудың матемаикалық әдістері (геномдық биоинформатика)

Биополимерлердің кеңістіктік құрылымын болжау алгоритмдері мен бағдарламаларын жасау (құрылымдық биоинформатика)

Стратегияларды, сәйкес есептеу әдістерін, сонымен қатар биологиялық жүйені ақпараттық күрделілігін жалпы басқару.

Биоинформатика бүгінде биологиялық деректерді басқару мен талдауда туындайтын практикалық және теориялық мәселелерді шешуге арналған мәліметтер базасын жетілдіруді қамтиды.

Биоинформатика және есептеуші жүйелік биология зертханасы «Өмір туралы ғылымдар орталығы», Назарбаев Университеті негізінде қалыптастырылды. Зертхананың борышы кадрлық қызметкерлерді ғылыми жетілдіру арқылы, инфрақұрылым дамыту арқылы және жетекші әлемдік зерттеу орталықтармен ынтымақтастық жүргізу арқылы қазақстандық биоинформатика және есептеуші жүйелік биологияны дамыту.

Зертхананың ғылыми зерттеу жұмыстары қазіргі заманғы биоинформатикалық әдістер және жүйелік әдістерді қолдану арқылы тірі ағзалардың биологиялық процесстерді зерттеуге бағытталған.

Ғылыми зерттеулердің негізгі объектілері: а) адам геномы; б) адам транскриптомы; в) микобактерия геномы.

Өмір туралы ғылымдар орталығында, NLA Қазақстанда алғаш рет «үлкен геномдық деректер» және биоинформатика саласындағы мәселелерді шешуге арналған жоғары өнімді биоинформатикалық есептеу платформасы іске қосылды. Q-Symphony немесе «Qasaq symphony of bioinformatics» бар болуы, сондай-ақ құрылған және оңтайландырылған биоинформатикалық әдістер адамның ауқымды геномдық деректерін талдап, құрылымдық геномдық нұсқаларын анықтауға, кешенді салыстырмалы және популяциялық талдау жүргізуге мүмкіндік береді. Бұрын бір есептік тапсырманы өңдеу үшін екі ай қажет болса, енді Q-Symphony-де осы процесті аяқтау үшін жеті күн керек!», - деп түсініктеме берді Ұлықбек Қаиров, жетекші ғылыми қызметкер, National Laboratory Astana, Өмір туралы ғылымдар орталығының Био информатика және Жүйелі биология зертханасының меңгерушісі.

Бұдан басқа, бұл деректер медицинада қолданылуы мүмкін - адамның генетикасына байланысты түсініксіз этиологиясы бар науқасты диагностикалау үшін және дербестендірілген медицинада генетикалық бейімділікті анықтау және патологияның даму қаупін алдын алу, сондай-ақ генетикалық ерекшеліктерге байланысты дәрілік препараттың тиімділігін бағалауға мүмкіндік береді. Әр түрлі аурулар әр қалай жолдармен өтетіні және популяцияның геномдық ерекшеліктеріне байланысты дәрілік препараттардың әр түрлі әсер етуі мүмкін екендігі медицинада белгілі.

Q-Symphony жүйесі негізгі төрт тораптан тұрады: кіру немесе басқару торабы, жады торабы, бір торапқа біріктірілген есептеу торабы және сақтау торабы. Барлық тораптар 100 Гб/сек сыйымдылығы бар Infiniband жоғары жылдамдықты деректермен алмасу желісіне қосылған. Есептеу тораптарының жалпы сыйымдылығы: 172 ядро, 3072 ГБ жедел жады және 198 ТБ деректер сақтау қоймасы.