Рибосомалық РНҚ атауындағы сандар - тұндыру константасының мәніне тең

16s рРНҚ

Орындаған: Өркен Айсулу БГ-31

16s рРНҚ

16s р-РНҚ - прокариот рибосомаларының негізін құрайтын р-РНҚ-ның үш негізгі түрінің бірі. Рибосомалық РНҚ атауындағы сандар - тұндыру константасының мәніне тең. Тиісінше, берілген молекула үшін бұл мән 16s (Сведберг бірлігі) . Прокариоттық микроорганизмдерде р-РНҚ-ның үш түрі табылды: рибосоманың үлкен бөлімшесінде 23s және 5s (50s), рибосоманың кіші бөлімшесінде 16s (30s) . Сол сияқты, басқа екі р-РНҚ молекулаларының константалары сәйкесінше 23 және 5 S құрайды. 16s р-РНҚ эукариоттық аналогы 18s р-РНҚ болып табылады.

Қазіргі уақытта 16s р-РНҚ және 18s р-РНҚ -дағы нуклеотидтер тізбегі әр түрлі жабайы табиғат патшалығынан 400-ден астам түрлер үшін зерттелді. р-РНҚ -ның 16s гендік тізбегі негізінен бактериялар мен архея филогенетикасын зерттеуде қолданылады.

Жинақ 16s рибосомалық РНҚ-ны кодтайтын бактериалды гендерді ретке келтіруге арналған. 16s Barcoding жиынтығын қолдана отырып:

Бірнеше үлгілерді біріктіру немесе мультиплекстеу әртүрлі ДНҚ-ны пародиялау арқылы жүзеге асады. Бұл бір үлгіні ретке келтіру кезінде қажетті мәліметтер бір ағынды ұяшықтан алынған максималды шығудан әлдеқайда аз болған жағдайда ыңғайлы.

Жинаққа 12 баркод кіреді, сондықтан бір кітапханаға 12-ге дейін ДНҚ үлгілерін жүктеуге болады. Бұл бір үлгіні ретке келтіру құнын шамамен 10 есе азайтуға мүмкіндік береді.

Жоғары температуралы экологиялық тауашалармен байланысты микробтық қауымдастықтардың құрылымын зерттеу негізгі микробиологияға, оның ішінде эволюцияға қызығушылық тудырады, өйткені мұндай жағдайда өмір сүретін көптеген микроорганизмдер бактериялар мен археялардың эволюциялық ежелгі бұтақтарына жатады. Соңғы 20 жыл ішінде жүргізілген термофильді микробтық қауымдастықтар термофильді бактериялардың әртүрлі топтарын анықтады және температураның жоғарылауымен олардың биоәртүрлілігі төмендейтінін көрсетті. Көптеген жұмыстардың объектілері жоғары температура мен бейтарап рН бар жылу көздері болды, ал "қышқыл" көздер әлдеқайда нашар сипатталған, алайда, шектеулі мәліметтерге сәйкес, олар бактериялар мен археялардың мүлдем белгісіз "мәдени емес" сызықтарының көзі бола алады. Жобаның мақсаты температурасы (40-тан 90°C-қа дейін) ерекшеленетін Камчатканың қышқыл жылу көздерінің микробтық қауымдастықтарының құрылымын сипаттау болып табылады. Бұл мәселені шешу үшін микробтық "метагенома"ррнқ-ның 16s гендерінің фрагменттерінің бірнеше ондаған мың тізбегін күшейтуге және параллель пиросеквенирлеуге негізделген микробтық қауымдастықтарды талдаудың заманауи молекулалық биологиялық әдістері қолданылады. 1. 2010 жылғы "Узон" кальдерасына экспедиция барысында 1807 (T=86C, pH 5. 6), 1818 (T=80C, pH-3. 5) екі қышқыл жылу көздерінде жиналған микроорганизмдер үлгілерінен ДНҚ метагеномдық препараттары анықталды. 2. "1807" қышқыл көзінің микробтық қауымдастығының құрамына молекулалық талдау жүргізілді, оның барысында 16s ррнқ гендерінің 50 мыңнан астам фрагменттері анықталды және микроорганизмдердің таксономиялық жіктелуі жүргізілді.

Қауымдастықтың жартысына жуығын (52%) құрайтын архейлердің арасында Sulfolobales (34. 1%) және Acidilobales (26. 1%), сондай-ақ Thaumarchaeota-ға жататын Nitrososphaeraceae (27. 1%) бұйрықтарының өкілдері басым болды. Архейдің кіші топтары Desulfurococcales (5. 1 %), Thermoproteales (4. 6 %), Nanoarcheum (1. 8 %), Thermoplosmata (0. 7%), Halobacteria (0. 3%) түрлерімен ұсынылды. Бактериялардың ішінде aquificae (35. 2%), Gammaproteobacteria (34. 1%), Firmicutes (16. 2%), Actinobacteria (6. 3%), Alphaproteobacteria (5. 1%), Betaproteobacteria (2. 3 %) және Deltaproteobacteria (0. 8%) өкілдері табылды. 3. Заварзин, "1807" және "1818" көздерінде іріктелген микроорганизмдер биомассасының негізінде термофильді микроорганизмдердің жинақтаушы дақылдары алынды. Микроорганизмдердің терең топтары үшін консервативті праймерлердің көмегімен Заварзин көзінен микроорганизмдер бар кумулятивтік культурада pJP89 Crenarchaeota терең филогенетикалық тобының өкілдері бар екендігі анықталды. 4. Узон жанартауының кальдера жылу көзінен оқшауланған Pyrobaculum (Thermoproteales реті) тектес гипертермофильді архея геномының нуклеотидтік тізбегі анықталды. Геномды талдау нәтижесінде осы архея метаболизмінің негізгі жолдары анықталды, оның ішінде мембраналар анықталды-әртүрлі спецификалық байланысқан оксидоредуктазалар, зерттелген археяның термоцидофильді жағдайларға бейімделуінің мүмкін механизмдері анықталды.

Ұқсас жұмыстар

Рнқ молекуласы

Ақуыздың түзілуі

ХИМИЯЛЫҚ ТЕПЕ- ТЕҢДІККЕ ТЕМПЕРАТУРАНЫҢ, ҚЫСЫМНЫҢ ЖӘНЕ КОНЦЕНТРАЦИЯНЫҢ ӘСЕРІ

ДНҚ молекуласының құрылымы

РНҚ Рибоза урацил цитозин аденин гуанин Фосфор қышқылы

ДНҚ молекуласының екі жіпшеден тұратындығын және нуклеотидтердің азоттық негіздері сутектік байланыспен байланысатынын америкалық биохимик

Жасушаның тұқым қуалау апараттары

ДНҚ - ның транскрипциясы

ДНҚ және РНҚ құрылымы

Прокариот және Эукариот рибосомаларының айырмашылығы

Пәндер