БИОЛОГИЯЛЫҚ ДЕРКҚОРЛАРДЫ АҚПАРАТТЫ ІЗДЕУ

Презентация қосу

БИОЛОГИЯЛЫҚ ДЕРКҚОРЛАРДЫ
АҚПАРАТТЫ ІЗДЕУ
БИОЛОГИЯЛЫҚ МӘЛІМЕТТЕРДІ
ӨҢДЕУ БАҒДАРЛАМАЛЫҚ
КИТАПХАНАЛАР
ЖОСПАР:

1. Биологиялық мәліметтер базасы
2. Қазіргі таңдағы биологиялық деректер базасының негізгі проблемалары
3. National Center for Biotechnology Information (NCBI)
4. Protein Data Bank
5. PubMed - медицина және биология бойынша негізгі жарияланымдар.
БИОЛОГИЯЛЫҚ
МӘЛІМЕТТЕР
БАЗАСЫ
Биологиялық мәліметтер базасы-бұл жиналған
биологиялық ғылымдар туралы ақпарат
кітапханалары ғылыми тәжірибелер, жарияланған
әдебиеттер, жоғары өнімді эксперименттер
технологиясы және есептеу талдауы. Олар
геномика, протеомика, метаболомика,
микрочиптердегі ген экспрессиясы және
филогенетиканы қоса алғанда, зерттеу
салаларынан алынған ақпаратты қамтиды.
Биологиялық мәліметтер базасындағы ақпарат
гендердің қызметін, құрылымын, локализациясын
(жасушалық және хромосомалық), мутацияның
клиникалық әсерін және биологиялық тізбектер
мен құрылымдардың ұқсастығын қамтиды.
Биологиялық дерекқорды тұтастай алғанда
тізбектік, құрылымдық және функционалдық
мәліметтер базасына бөлуге болады. Нуклеин
қышқылдары мен ақуыздардың тізбегі тізбекті
мәліметтер базасында сақталады, ал РНҚ мен
ақуыздардың шешілген құрылымдары
құрылымдық мәліметтер базасында сақталады.
Функционалды мәліметтер базасы гендік
өнімдердің физиологиялық рөлі туралы
ақпарат береді, мысалы ферменттердің
белсенділігі, мутантты фенотиптер немесе
биологиялық жолдар. Модельдік
организмдердің мәліметтер базасы-бұл нақты
түрлер туралы мәліметтер беретін
функционалды мәліметтер базасы.
Деректер базасы ғалымдарға биомолекулалардың құрылымынан
және олардың өзара әрекеттесуінен организмдердің бүкіл
метаболизмі мен түсінуіне дейін көптеген биологиялық
құбылыстарды талдауға және түсіндіруге көмектесетін маңызды
құрал болып табылады.түрлердің эволюциясы. Бұл білім аурулармен
күресті жеңілдетуге, дәрі-дәрмектердің дамуына, белгілі бір
генетикалық ауруларды болжауға және өмір тарихындағы түрлер
арасындағы негізгі қатынастарды анықтауға көмектеседі.
ҚАЗІРГІ ТАҢДАҒЫ БИОЛОГИЯЛЫҚ ДЕРЕКТЕР
БАЗАСЫНЫҢ НЕГІЗГІ ПРОБЛЕМАЛАРЫ

• Биологиялық деректері бар базаларды пайдалану қажеттілігі артып келеді - > өңдеу қажет
• Биологиялық деректер түрлері айтарлықтай өзгереді (нуклеотидтер, ақуыздар, геномдар,
таксономиялар және т. б.)
• Бір типтегі мәліметтер базасындағы мазмұн әртүрлі түрде ұсынылуы мүмкін, әртүрлі файл
пішімдері болуы мүмкін және т. б. - > деректерді бейімдеу қажет
• Биологиялық деректер құрылымында айтарлықтай өзгеруі мүмкін- интерфейстер қажет
БИОЛОГИЯЛЫҚ ДЕРЕКТЕР БАЗАСЫ:

Protein
NCBI GenBank
Data Bank

Genome
Pub Med Және т.б.
Browser
NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)
WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV
ҚАНДАЙ ДЕРЕКТЕР БОЛАДЫ?

РНИМУ 9
NCBI НЕГІЗГІ ЕРЕКШЕЛІКТЕРІ: PUBMED

• Ұлттық медицина кітапханасын іздеу қызметі (NLM).
• MEDLINE-да 28 миллион сілтеме болады (2018).
• online журналдармен байланыс.
• PubMed қалай пайдалануға болады:
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed немесе NLM арқылы:
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html
КІРУ НӨМІРІ/ НОМЕР ДОСТУПА(ACCESSION
NUMBER) - БІРІЗДІЛІККЕ АРНАЛҒАН БЕЛГІ

• NCBI ДНҚ, РНҚ және ақуыздар тізбегі туралы ақпаратты
қамтитын мәліметтер базасын (GenBank сияқты) қамтидыСіз
осындай ақпаратты ала аласыз сұраныс қызығушылық
ақуызының немесе геннің атауы ретінде,қызығушылық
тудыратын ДНҚ нуклеотидтерінің тізбегіДНҚ тізбегі және
басқа молекулалық деректер молекула деректеріне қатысты
тізбекті немесе басқа жазбаны анықтау үшін қолданылатын қол
жеткізу нөмірлерімен белгіленеді
КІРУ НӨМІРІ ДЕГЕН3МІЗ НЕ?
• Кіру нөмірі (тіркеу нөмірі) - тізбекті анықтау үшін қолданылатын белгі.
• Бұл әріптер мен/немесе сандардың жолы, ол молекулалық бірізділікке сәйкес келеді.
• Мысал
X02775 GenBank genomic DNA sequence
NG_000007.3 RefSeqGene
rs192792910 dbSNP (single nucleotide polymorphism)
AA970968.1 An expressed sequence tag (EST) (1 of 2,345)
NM_000518.4 RefSeq DNA sequence (from a transcript)
NP_000509.1 RefSeq protein
CAA00182.1 GenBank protein
Q14473 SwissProt protein
1YE0|B Protein Data Bank structure record
РНИМУ 13
Аминқышқылдардың белгіленуі
Name 3-Letter 1-Letter
Alanine Ala A Name 3-Letter 1-Letter
Arginine Arg R Leucine Leu L
Asparagine Asn N Lysine Lys K
Aspartic acid Asp D Methionine Met M
Cysteine Cys C Phenylalanine Phe F
Glutamic Acid Glu E Proline Pro P
Glutamine Gln Q Serine Ser S
Glycine Gly G Threonine Thr T
Histidine His H Tryptophan Trp W
Isoleucine Ile I Tyrosine Tyr Y
РНИМУ 14
Valine Val V
PROTEIN DATA BANK

• Protein Data Bank - белоктар және нуклеин қышқылдарының
үш өлшемді құрылымдарының дерекқоры.
• Protein Data Bank Уолтер Гамильтонмен 1971 жылы
Брукхавеннің ұлттық зертханасында құрылған, ол рентген
Кристаллография немесе ЯМР (Ядерный магнитный резонанс)
алынған белоктар мен нуклеин қышқылдарының кеңістіктік
құрылымы туралы деректермен толтырылады, аты бойынша
google-да оңай табуға болады.
PUBMED - МЕДИЦИНА ЖӘНЕ БИОЛОГИЯ
БОЙЫНША НЕГІЗГІ ЖАРИЯЛАНЫМДАР.
• PubMed - Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (ағылш. National Center for Biotechnology
Information, NCBI) 1997 жылы құрылған.
• Порталға күн сайын 2,5 млн-ға жуық қолданушы кіреді. PubMed бірден бірнеше дерекқорға қол
жетімділікті қамтамасыз етеді, бірақ Medline жиынтығы негізгі болып саналады, оның құрамында
табиғи, химиялық, мінез-құлық ғылымдары, соның ішінде Биоинженерия және биофизика бойынша
30 миллионнан астам цитаталар бар.
• Уақыт өте келе PubMed-ке PreMEDLINE, OLDMEDLINE дерекқорлары және NCBI кітап
коллекциясы біріктірілді. PubMed сонымен қатар PubMed Central онлайн-репозиторийіне қол
жеткізуге мүмкіндік береді.
• Портал зерттеушілерге қажетті ақпаратты еркін іздеуге және дәлелді медицина мен ашық ғылым
қағидаттарын таратуға мүмкіндік беру есебінен жаратылыстану ғылымдарының дамуына іргелі әсер
етті

Ұқсас жұмыстар

Компьютерлік ақпаратты қорғау

Клиникалық сараптама - дәлелді медицина

Ақпараттық процестер

Автоматтандырылған ақпараттық

Бұлтты деректерді сақтау

Жетекші қосылыстың бағытталған құрылымдық модификациясының химиялық әдістері

Аппараттық қорғаныс құралдары

Medline - медициналық ақпаратты библиографиялық іздестіру

Желідегі ақпаратты іздеудің әдістері мен негізгі құралдары

Ақпараттық жүйеге анықтама беру

Пәндер