Биологиялық деректер базасы

Жұмыс түрі: Материал
Тегін: Антиплагиат
Көлемі: 11 бет
Таңдаулыға:

ҚАЗАҚ ҰЛТТЫҚ ҚЫЗДАР ПЕДАГОГИКАЛЫҚ УНИВЕРСИТЕТІ

Биологиялық деректер базасы: жіктелуі

Орындаған: Нұрманбек Айдын
Биология

Алматы
Биологиялық деректер базасы: жіктелуі
№
Биологиялық деректер базасы
Мазмұны
1
Мұрағаттық деректер базасы. Құрылымданбаған ақпарат, Дербес дерек көздері, қателіктердің кездесуі
GenBank-барлық аннотацияланған ДНҚ мен РНҚ тізбегін, сондай-ақ олардағы кодталған ақуыздардың тізбегін қамтитын жалпыға қол жетімді мәліметтер базасы. GenBank-ті АҚШ-тың ұлттық денсаулық сақтау институттарының құрамына кіретін АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) қолдайды және бүкіл әлемдегі зерттеушілерге ақысыз қол жетімді. GenBank 100 000-нан астам түрлі ағзалар үшін әртүрлі зертханаларда алынған мәліметтерді алады және біріктіреді.
GenBank шығарылымы екі айда бір рет жүреді және сайттан FTP протоколы арқылы қол жетімді. GenBank-тің қазіргі нұсқасына арналған шығарылым туралы ескертпелер шығарылым туралы және GenBank-тегі алдағы өзгерістер туралы хабарламалар туралы толық ақпарат береді. Сондай-ақ, GenBank-тің алдыңғы нұсқаларын шығару туралы ескертпелер бар.
Еуропалық молекулалық биологиялық зертхана (ағылш. European Molecular Biology Laboratory, EMBL)-Аустралияның жиырма қатысушы елі мен серіктес елі бөлген қаражаттан қаржыландырылатын іргелі ғылыми-зерттеу институты. Зертхана 1974 жылы құрылған. EMBL-де ғылыми қызметті молекулалық биологияның барлық салаларын қамтитын 85-ке жуық тәуелсіз топтар жүргізеді. Зертхана бес бөлімнен тұрады: Гейдельбергтегі (Германия) негізгі зертхана, Гренобльдегі (Франция), Гамбургтегі (Германия) филиалдар, Монтерондо (Рим маңы, Италия) және Хинкстондағы Еуропалық Биоинформатика институты (Кембридж маңында, Ұлыбритания).
EMBL-дің негізі келесі қызмет бағыттары болып табылады:
молекулалық биология саласындағы іргелі зерттеулер;
жоғары оқу орындары мен жоғары оқу орнынан кейінгі білім берудің барлық деңгейлерінде жоғары білікті ғылыми кадрлар даярлау. 210-ға жуық аспирант халықаралық PhD бағдарламасы бойынша білім алуда;
қатысушы елдердің ғалымдары үшін биологиялық материалдарды зерттеуді қамтамасыз ету;
биологиялық зерттеулердің жаңа аспаптары мен әдістерін әзірлеу және жаңа технологияларды таратуға, зерттеулер мен әзірлемелердің нәтижелерін іс жүзінде қолдануды ілгерілетуге белсенді қатысу.
Сонымен қатар, EMBL биология ғылымының соңғы жетістіктерін көпшілікке арналған дәріс залы, ашық есік күндері және т.б. сияқты түрлі қоғамдық іс-шаралар арқылы насихаттауға және насихаттауға ықпал етеді.

Protein Data Bank, PDB-ақуыздар мен нуклеин қышқылдарының үш өлшемді құрылымдарының деректер банкі. Рентгендік Кристаллография немесе ЯМР спектроскопиясы әдістерімен және криоэлектрондық микроскопия әдісімен алынған ақпаратты бүкіл әлемнің биологтары мен биохимиктері дерекқорға енгізеді және мүше ұйымдардың интернет-сайттары арқылы ақысыз қол жетімді .
PDB-құрылымдық биология саласында жұмыс істейтін ғалымдар үшін маңызды ресурстардың бірі. Көптеген ғылыми журналдар мен кейбір зерттеулерді қаржыландыру қорлары, мысалы, АҚШ-тағы NIH, мақала авторлары мен грант алушылардан барлық құрылымдық деректерді PDB-ге орналастыруды талап етеді. Protein Data Bank негізінен биологиялық молекулалардың құрылымы туралы бастапқы деректерді қамтиды, ал бастапқы деректерді жіктейтін немесе молекулалардың құрылымы мен эволюциялық туыстық арасындағы заңдылықтарды анықтайтын жүздеген басқа мәліметтер банкі бар.
2
Жетекшілік ететін деректер базасы. Деректердің дұрыстығын сарапшы бақылайды
SWISS - PROT (Байрох пен Апвейлер, 1996) - бұл 1986 жылы құрылған және 1987 жылдан бастап Женева Университетінің Медициналық биохимия кафедрасы мен EMBL деректер кітапханасымен бірлесіп қолдау көрсететін ақуыздар тізбегінің аннотацияланған дерекқоры. Бұл аннотацияның жоғары деңгейін (мысалы, ақуыз функциясының сипаттамасы, оның домендік құрылымы, посттрансляциялық модификациялар мен нұсқалар), минималды резервтік деңгей және басқа мәліметтер базасымен интеграцияның жоғары деңгейін қамтамасыз етуге бағытталған ақуыздар тізбегінің реттелген дерекқоры.

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and genomes-гендер мен геномдардың Киото энциклопедиясы)-1995 жылы құрылған, бірқатар биологиялық дерекқорларға және биологиялық және медициналық деректерді талдауға арналған құралдарға қол жеткізуді қамтамасыз ететін веб-ресурс. "Адам геномы" жобасы аясында құрылған сәттен бастап Kegg интеграцияланған мәліметтер базасы едәуір кеңейді және қазіргі уақытта (2017) он алты мәліметтер базасы бар, іздеу ыңғайлылығы үшін төрт санатқа бөлінеді: Жүйелік ақпарат (метаболикалық жолдар, гендік модульдер және т. б. туралы мәліметтер). д.),
геномдық ақпарат (жеке гендер, әртүрлі тіршілік иелерінің геномдары, ортологиялық топтар туралы мәліметтер), химиялық ақпарат (тірі организмдерде болатын химиялық реакциялар туралы мәліметтер)
адам денсаулығына тікелей байланысты ақпарат (адам аурулары, дәрі-дәрмектер және т.б.).
Сондай-ақ KEGG деректер базасымен ыңғайлы жұмыс істеуге және оларда сақталатын ақпаратты талдауға арналған бірқатар құралдарды ұсынады.

FlyBase-бұл биоинформатиканың интернеттегі дерекқоры және drosophilidae жәндіктер тұқымдасы үшін генетикалық және молекулалық деректердің негізгі қоймасы.Ең көп зерттелген түрлер мен модельдік организм үшін Drosophila melanogaster, мәліметтердің кең спектрі әртүрлі форматта ұсынылған.

COG-ортологиялық гендер туралы ақпарат.
3
Деректер базасының туындылары. Мұндай базалар мұрағаттық және жетекшілік ететін мәліметтер базасынан мәліметтерді өңдеу нәтижесінде алынады
Pro. Dom-ақуыз домендері

As. Mam. DB-сүтқоректілерде альтернативті сплайсинг

Pfam-ақуыз домендерінің тұқымдастарының мәліметтер базасы. 2021 жылдың наурыз айында Pfam-да 645 кланға біріктірілген 19 179 жазба (тұқымдас) болды

Ақуыздардың құрылымдық жіктелуі туралы мәліметтер базасы (SCOP) - бұл ақуыздардың құрылымдық домендерінің олардың құрылымдары мен аминқышқылдарының тізбегінің ұқсастығына негізделген жіктелуі. Бұл жіктеудің мақсаты ақуыздар арасындағы эволюциялық қатынасты анықтау болып табылады. Бірдей пішінді, бірақ кішігірім дәйектілігі немесе функционалды ұқсастығы бар ақуыздар әртүрлі суперфамилияларға сәйкес келеді және тек өте алыс ортақ ата-бабаға ие болады деп болжанады. Бірдей пішінді және тізбектің жәненемесе функцияның кейбір ұқсастықтары бар белоктар "тұқымдастарға" орналастырылады және жақын ата-бабаға ие болады деп болжанады.

"Гендік онтология" (ағылш. Gene Ontology, немесе GO) - барлық биологиялық түрлердің гендері мен гендік өнімдерін аннотациялауға арналған бірыңғай терминологияны жасауға арналған биоинформатикалық жоба.
Жобаның мақсаты-ген атрибуттарының және олардың өнімдерінің белгілі бір тізімін сақтау және толықтыру, гендер мен өнімдердің аннотацияларын жасау, жобаның мәліметтер базасымен жұмыс істеуге арналған құралдарды жасау, сонымен қатар жаңа эксперименттік деректерді талдау, атап айтқанда гендердің функционалды топтарының өкілдігін талдау. Айта кету керек, GO жобасында гендік өнімдер туралы жүйелі ақпаратты тез табуға мүмкіндік беретін деректерді (гендер және олардың өнімдері туралы ақпарат, яғни РНҚ мен ақуыздар, сондай-ақ олардың функциялары) жіктеу үшін белгілеу тілі жасалды.

Google Academy (ағылш. Google Scholar)-барлық форматтар мен пәндердің толық мәтінді ғылыми жарияланымдары үшін ақысыз іздеу жүйесі. Жоба 2004 жылдың қарашасынан бастап жұмыс істейді, бастапқыда бета күйінде. Google Scholar Index Еуропа мен Американың ірі ғылыми баспаларының рецензияланған онлайн-журналдарының көпшілігінің деректерін қамтиды. Google Scholar функционалдығы бойынша Scirus, CiteSeerX және GetCITED -ке ұқсас. Сонымен қатар, Google Scholar ақылы жазылымнан кейін басылымдарға қол жеткізуді қамтамасыз ететін сайттарға ұқсас, мысалы, Scopus және Web of Science.
Mendeley - бұл ғылыми құжаттарды PDF форматында сақтауға және қарауға мүмкіндік беретін, библиографиялық ақпаратты басқарудың ақысыз бағдарламасы және ғалымдардың халықаралық әлеуметтік желісіне қосылған. Бағдарламаны пайдалануға рұқсат алу үшін әлеуметтік желіде тіркелгі қажет. Негізгі Mendeley пакеті ақысыз бағдарлама ретінде таратылады, бірақ материалдарды сақтауға және топтар құруға квотасы жоғарылаған ақылы нұсқалар бар.
PubMed-АҚШ Ұлттық медицина кітапханасының (NLM) биотехнология бөлімінің негізінде АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) құрған медициналық және биологиялық басылымдардың ағылшын тіліндегі мәтіндік дерекқоры . PubMed негізгі компоненті - MEDLINE . Ол алғаш рет 1996 жылдың қаңтарында енгізілді . PubMed, PubChem және басқа да маңызды медициналық мәліметтер базасы үшін NCBI-Entrez , орталық іздеу жүйесі арқылы қол жетімді. 30 миллионнан астам жазбалар бар .

Molbiol.ru

КЕҢІНЕН ҚОЛДАНЫЛАТЫН БИОИНФОРМАТИКАЛЫҚ ДЕРЕКҚОРЛАР

NCBI
Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI).
1988 жылы Бетезда қаласында (Мэриленд, АҚШ) молекулалық биология деректерін өңдеу мен сақтаудың орталық институты ретінде құрылған. Бұл Америка Құрама Штаттарының Ұлттық медицина кітапханасының (NLM) бөлігі, Ұлттық денсаулық институттарының (NIH) бөлімшесі.
Бұл орталықты BLAST тегістеуді іздеу жергілікті бағдарламасының авторларының бірі және биоинформатика саласындағы кеңінен танымал кәсіби маман Дэвид Липман басқарады. Ол сонымен қатар орталықтың ғылыми бағдарламаларын басқарады, оның ішінде Стефан Альтшул (BLAST бағдарламасының авторы), Дэвид Ландсман, Евгений Куниннің ғылыми топтары.
NCBI протеиндік домендер, ДНҚ (GenBank) және РНҚ дерекқорлары туралы ақпарат береді, ғылыми әдебиеттер (PubMed) және таксономиялық ақпарат (TaxBrowser), нақты биологиялық түрлер туралы деректерді іздеуді қамтамасыз етеді (Таксономия). Сонымен қатар әр түрлі стандартты биоинформатикалық бағдарламалар (BLAST) бар. ... жалғасы

Сіз бұл жұмысты біздің қосымшамыз арқылы толығымен тегін көре аласыз.