Биологиялық деректер базасы

Жұмыс түрі: Материал
Тегін: Антиплагиат
Көлемі: 11 бет
Таңдаулыға:

ҚАЗАҚ ҰЛТТЫҚ ҚЫЗДАР ПЕДАГОГИКАЛЫҚ УНИВЕРСИТЕТІ

Биологиялық деректер базасы: жіктелуі

Орындаған: Нұрманбек Айдын

Биология

Алматы

Биологиялық деректер базасы: жіктелуі

№

Биологиялық деректер базасы

Мазмұны

№: 1

Биологиялық деректер базасы: Мұрағаттық деректер базасы. Құрылымданбаған ақпарат, Дербес дерек көздері, қателіктердің кездесуі

Мазмұны:

GenBank -барлық аннотацияланған ДНҚ мен РНҚ тізбегін, сондай-ақ олардағы кодталған ақуыздардың тізбегін қамтитын жалпыға қол жетімді мәліметтер базасы. GenBank-ті АҚШ-тың ұлттық денсаулық сақтау институттарының құрамына кіретін АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) қолдайды және бүкіл әлемдегі зерттеушілерге ақысыз қол жетімді. GenBank 100 000-нан астам түрлі ағзалар үшін әртүрлі зертханаларда алынған мәліметтерді алады және біріктіреді.

GenBank шығарылымы екі айда бір рет жүреді және сайттан FTP протоколы арқылы қол жетімді. GenBank-тің қазіргі нұсқасына арналған шығарылым туралы ескертпелер шығарылым туралы және GenBank-тегі алдағы өзгерістер туралы хабарламалар туралы толық ақпарат береді. Сондай-ақ, GenBank-тің алдыңғы нұсқаларын шығару туралы ескертпелер бар.

Еуропалық молекулалық биологиялық зертхана (ағылш. European Molecular Biology Laboratory, EMBL) -Аустралияның жиырма қатысушы елі мен серіктес елі бөлген қаражаттан қаржыландырылатын іргелі ғылыми-зерттеу институты. Зертхана 1974 жылы құрылған. EMBL-де ғылыми қызметті молекулалық биологияның барлық салаларын қамтитын 85-ке жуық тәуелсіз топтар жүргізеді. Зертхана бес бөлімнен тұрады: Гейдельбергтегі (Германия) негізгі зертхана, Гренобльдегі (Франция), Гамбургтегі (Германия) филиалдар, Монтерондо (Рим маңы, Италия) және Хинкстондағы Еуропалық Биоинформатика институты (Кембридж маңында, Ұлыбритания) .

EMBL-дің негізі келесі қызмет бағыттары болып табылады:

молекулалық биология саласындағы іргелі зерттеулер;

жоғары оқу орындары мен жоғары оқу орнынан кейінгі білім берудің барлық деңгейлерінде жоғары білікті ғылыми кадрлар даярлау. 210-ға жуық аспирант халықаралық PhD бағдарламасы бойынша білім алуда;

қатысушы елдердің ғалымдары үшін биологиялық материалдарды зерттеуді қамтамасыз ету;

биологиялық зерттеулердің жаңа аспаптары мен әдістерін әзірлеу және жаңа технологияларды таратуға, зерттеулер мен әзірлемелердің нәтижелерін іс жүзінде қолдануды ілгерілетуге белсенді қатысу.

Сонымен қатар, EMBL биология ғылымының соңғы жетістіктерін көпшілікке арналған дәріс залы, ашық есік күндері және т. б. сияқты түрлі қоғамдық іс-шаралар арқылы насихаттауға және насихаттауға ықпал етеді.

№:

Protein Data Bank , PDB-ақуыздар мен нуклеин қышқылдарының үш өлшемді құрылымдарының деректер банкі. Рентгендік Кристаллография немесе ЯМР спектроскопиясы әдістерімен және криоэлектрондық микроскопия әдісімен алынған ақпаратты бүкіл әлемнің биологтары мен биохимиктері дерекқорға енгізеді және мүше ұйымдардың интернет-сайттары арқылы ақысыз қол жетімді .

PDB-құрылымдық биология саласында жұмыс істейтін ғалымдар үшін маңызды ресурстардың бірі. Көптеген ғылыми журналдар мен кейбір зерттеулерді қаржыландыру қорлары, мысалы, АҚШ-тағы NIH, мақала авторлары мен грант алушылардан барлық құрылымдық деректерді PDB-ге орналастыруды талап етеді. Protein Data Bank негізінен биологиялық молекулалардың құрылымы туралы бастапқы деректерді қамтиды, ал бастапқы деректерді жіктейтін немесе молекулалардың құрылымы мен эволюциялық туыстық арасындағы заңдылықтарды анықтайтын жүздеген басқа мәліметтер банкі бар.

№: 2

Биологиялық деректер базасы: Жетекшілік ететін деректер базасы. Деректердің дұрыстығын сарапшы бақылайды

Мазмұны: SWISS - PROT (Байрох пен Апвейлер, 1996) - бұл 1986 жылы құрылған және 1987 жылдан бастап Женева Университетінің Медициналық биохимия кафедрасы мен EMBL деректер кітапханасымен бірлесіп қолдау көрсететін ақуыздар тізбегінің аннотацияланған дерекқоры. Бұл аннотацияның жоғары деңгейін (мысалы, ақуыз функциясының сипаттамасы, оның домендік құрылымы, посттрансляциялық модификациялар мен нұсқалар), минималды резервтік деңгей және басқа мәліметтер базасымен интеграцияның жоғары деңгейін қамтамасыз етуге бағытталған ақуыздар тізбегінің реттелген дерекқоры.

№:

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and genomes-гендер мен геномдардың Киото энциклопедиясы) -1995 жылы құрылған, бірқатар биологиялық дерекқорларға және биологиялық және медициналық деректерді талдауға арналған құралдарға қол жеткізуді қамтамасыз ететін веб-ресурс. "Адам геномы" жобасы аясында құрылған сәттен бастап Kegg интеграцияланған мәліметтер базасы едәуір кеңейді және қазіргі уақытта (2017) он алты мәліметтер базасы бар, іздеу ыңғайлылығы үшін төрт санатқа бөлінеді: Жүйелік ақпарат (метаболикалық жолдар, гендік модульдер және т. б. туралы мәліметтер) . д. ),

геномдық ақпарат (жеке гендер, әртүрлі тіршілік иелерінің геномдары, ортологиялық топтар туралы мәліметтер), химиялық ақпарат (тірі организмдерде болатын химиялық реакциялар туралы мәліметтер)

адам денсаулығына тікелей байланысты ақпарат (адам аурулары, дәрі-дәрмектер және т. б. ) .

Сондай-ақ KEGG деректер базасымен ыңғайлы жұмыс істеуге және оларда сақталатын ақпаратты талдауға арналған бірқатар құралдарды ұсынады.

№: FlyBase -бұл биоинформатиканың интернеттегі дерекқоры және drosophilidae жәндіктер тұқымдасы үшін генетикалық және молекулалық деректердің негізгі қоймасы. Ең көп зерттелген түрлер мен модельдік организм үшін Drosophila melanogaster, мәліметтердің кең спектрі әртүрлі форматта ұсынылған.

№: COG -ортологиялық гендер туралы ақпарат.

№: 3

Биологиялық деректер базасы: Деректер базасының туындылары. Мұндай базалар мұрағаттық және жетекшілік ететін мәліметтер базасынан мәліметтерді өңдеу нәтижесінде алынады

Мазмұны: Pro. Dom -ақуыз домендері

№: As. Mam. DB -сүтқоректілерде альтернативті сплайсинг

№: Pfam -ақуыз домендерінің тұқымдастарының мәліметтер базасы. 2021 жылдың наурыз айында Pfam-да 645 кланға біріктірілген 19 179 жазба (тұқымдас) болды

№: Ақуыздардың құрылымдық жіктелуі туралы мәліметтер базасы (SCOP) - бұл ақуыздардың құрылымдық домендерінің олардың құрылымдары мен аминқышқылдарының тізбегінің ұқсастығына негізделген жіктелуі. Бұл жіктеудің мақсаты ақуыздар арасындағы эволюциялық қатынасты анықтау болып табылады. Бірдей пішінді, бірақ кішігірім дәйектілігі немесе функционалды ұқсастығы бар ақуыздар әртүрлі суперфамилияларға сәйкес келеді және тек өте алыс ортақ ата-бабаға ие болады деп болжанады. Бірдей пішінді және тізбектің және/немесе функцияның кейбір ұқсастықтары бар белоктар "тұқымдастарға" орналастырылады және жақын ата-бабаға ие болады деп болжанады.

№:

"Гендік онтология" (ағылш. Gene Ontology, немесе GO) - барлық биологиялық түрлердің гендері мен гендік өнімдерін аннотациялауға арналған бірыңғай терминологияны жасауға арналған биоинформатикалық жоба.

Жобаның мақсаты-ген атрибуттарының және олардың өнімдерінің белгілі бір тізімін сақтау және толықтыру, гендер мен өнімдердің аннотацияларын жасау, жобаның мәліметтер базасымен жұмыс істеуге арналған құралдарды жасау, сонымен қатар жаңа эксперименттік деректерді талдау, атап айтқанда гендердің функционалды топтарының өкілдігін талдау. Айта кету керек, GO жобасында гендік өнімдер туралы жүйелі ақпаратты тез табуға мүмкіндік беретін деректерді (гендер және олардың өнімдері туралы ақпарат, яғни РНҚ мен ақуыздар, сондай-ақ олардың функциялары) жіктеу үшін белгілеу тілі жасалды.

Google Academy (ағылш. Google Scholar) -барлық форматтар мен пәндердің толық мәтінді ғылыми жарияланымдары үшін ақысыз іздеу жүйесі. Жоба 2004 жылдың қарашасынан бастап жұмыс істейді, бастапқыда бета күйінде. Google Scholar Index Еуропа мен Американың ірі ғылыми баспаларының рецензияланған онлайн-журналдарының көпшілігінің деректерін қамтиды. Google Scholar функционалдығы бойынша Scirus, CiteSeerX және GetCITED -ке ұқсас. Сонымен қатар, Google Scholar ақылы жазылымнан кейін басылымдарға қол жеткізуді қамтамасыз ететін сайттарға ұқсас, мысалы, Scopus және Web of Science.

Mendeley - бұл ғылыми құжаттарды PDF форматында сақтауға және қарауға мүмкіндік беретін, библиографиялық ақпаратты басқарудың ақысыз бағдарламасы және ғалымдардың халықаралық әлеуметтік желісіне қосылған. Бағдарламаны пайдалануға рұқсат алу үшін әлеуметтік желіде тіркелгі қажет. Негізгі Mendeley пакеті ақысыз бағдарлама ретінде таратылады, бірақ материалдарды сақтауға және топтар құруға квотасы жоғарылаған ақылы нұсқалар бар.

PubMed -АҚШ Ұлттық медицина кітапханасының (NLM) биотехнология бөлімінің негізінде АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) құрған медициналық және биологиялық басылымдардың ағылшын тіліндегі мәтіндік дерекқоры . PubMed негізгі компоненті - MEDLINE . Ол алғаш рет 1996 жылдың қаңтарында енгізілді . PubMed, PubChem және басқа да маңызды медициналық мәліметтер базасы үшін NCBI-Entrez, орталық іздеу жүйесі арқылы қол жетімді. 30 миллионнан астам жазбалар бар .

Molbiol. ru

КЕҢІНЕН ҚОЛДАНЫЛАТЫН БИОИНФОРМАТИКАЛЫҚ ДЕРЕКҚОРЛАР

NCBI

Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) .

1988 жылы Бетезда қаласында (Мэриленд, АҚШ) молекулалық биология деректерін өңдеу мен сақтаудың орталық институты ретінде құрылған. Бұл Америка Құрама Штаттарының Ұлттық медицина кітапханасының (NLM) бөлігі, Ұлттық денсаулық институттарының (NIH) бөлімшесі.

Бұл орталықты BLAST тегістеуді іздеу жергілікті бағдарламасының авторларының бірі және биоинформатика саласындағы кеңінен танымал кәсіби маман Дэвид Липман басқарады. Ол сонымен қатар орталықтың ғылыми бағдарламаларын басқарады, оның ішінде Стефан Альтшул (BLAST бағдарламасының авторы), Дэвид Ландсман, Евгений Куниннің ғылыми топтары.

NCBI протеиндік домендер, ДНҚ (GenBank) және РНҚ дерекқорлары туралы ақпарат береді, ғылыми әдебиеттер (PubMed) және таксономиялық ақпарат (TaxBrowser), нақты биологиялық түрлер туралы деректерді іздеуді қамтамасыз етеді (Таксономия) . Сонымен қатар әр түрлі стандартты биоинформатикалық бағдарламалар (BLAST) бар. Деректер қорына Entrez іздеу жүйесі арқылы қол жеткізуге болады.

NCBI міндеттері:

Молекулалық биология, биомедицина және генетика бойынша деректерді сақтауға және талдауға арналған автоматтандырылған жүйелерді құру.
Биологиялық белсенді молекулалар мен заттардың құрылымы мен құндылығын зерттеуде алынған мәліметтерді компьютерлік өңдеу.
Биотехнологияны зерттеушілер мен медициналық қызметкерлер үшін мәліметтер базасы мен бағдарламалық қамтамасыз етуді кеңінен қолдануға жәрдемдесу.
Бүкіл әлем бойынша биотехнологиялық ақпаратты жинақтау бойынша күш -жігерді үйлестіру.
NCBI қамқорлығымен жыл сайын молекулалық биология, генетика және биомедицина мәселелеріне арналған семинарлар мен ғылыми конференциялар өткізіледі. NCBI білім беру қызметімен айналысады, оның ішінде онлайн.

Entrez

Entrez (ɒnˈtreɪ деп аталады) Global Query деректер базасын іздеу жүйесі-бұл федералды іздеу жүйесі немесе пайдаланушыларға Ұлттық биотехнология ақпараты орталығының (NCBI) веб-сайтында денсаулық туралы көптеген дискретті дерекқорларды іздеуге мүмкіндік беретін іздеу жүйесі немесе веб-портал. NCBI Ұлттық медицина кітапханасының (NLM) бөлігі болып табылады, ол өзі Ұлттық денсаулық институттарының (NIH) бөлімі болып табылады, ол өз кезегінде Америка Құрама Штаттарының денсаулық сақтау және халыққа қызмет көрсету департаментінің бөлігі болып табылады. «Entrez » атауы (француз тілінен аударғанда «Кіріңіз » деген мағынаны білдіреді) NLM -де қол жетімді мазмұнды іздеу үшін жұртшылықты қарсы алу рухын көрсету үшін таңдалған.

Entrez Global Query - бұл бірыңғай сұрау жолымен және пайдаланушы интерфейсімен бір уақытта барлық мәліметтер қорына кіруді қамтамасыз ететін іздеу мен іздеудің біріктірілген жүйесі. Entrez байланысты тізбектерді, құрылымдарды және сілтемелерді тиімді түрде ала алады. Entrez жүйесі гендер мен ақуыздар тізбегі мен хромосома карталарының көрінісін бере алады. Кейбір оқулықтар Entrez жүйесі арқылы да онлайн режимінде қол жетімді.

Entrez келесі мәліметтер базасын іздейді:

PubMed: biomedical literature citations and abstracts, including Medline - articles from (mainly medical) journals, often including abstracts. Links to PubMed Central and other full-text resources are provided for articles from the 1990s.
PubMed Central: free, full-text journal articles
Site Search: NCBI web and FTP web sites
Books: online books
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
Nucleotide: sequence database (GenBank)
Protein: sequence database
Genome: whole genome sequences and mapping
Structure: three-dimensional macromolecular structures
Taxonomy: organisms in GenBank Taxonomy
dbSNP: single nucleotide polymorphism
Gene:[3] gene-centered information
HomoloGene: eukaryotic homology groups
PubChem Compound: unique small molecule chemical structures
PubChem Substance: deposited chemical substance records
Genome Project: genome project information
UniGene: gene-oriented clusters of transcript sequences
CDD: conserved protein domain database
PopSet: population study data sets (epidemiology)
GEO Profiles: expression and molecular abundance profiles
GEO DataSets: experimental sets of GEO data
Sequence read archive: high-throughput sequencing data
Cancer Chromosomes: cytogenetic databases
PubChem BioAssay: bioactivity screens of chemical substances
Probe: sequence-specific reagents
NLM Catalog: NLM bibliographic data for over 1. 2 million journals, books, audiovisuals, computer software, electronic resources, and other materials resident in LocatorPlus (updated every weekday) .

KEGG

KEGG (Киото гендер мен геномдардың энциклопедиясы) - 1995 жылы құрылған бірқатар биологиялық мәліметтер базасы мен биологиялық және медициналық деректерді талдау құралдарына қол жеткізуді қамтамасыз ететін веб -ресурс. Адам геномы жобасы аясында. Құрылған сәттен бастап KEGG интеграцияланған мәліметтер базасы айтарлықтай кеңейе түсті және қазіргі уақытта (2017 ж. ) Іздеуді жеңілдету үшін төрт санатқа бөлінген он алты деректер қоры бар : жүйелік ақпарат (метаболизм жолдары туралы деректер, гендік модульдер және т. б. ), геномдық ақпарат (жеке гендер туралы мәліметтер, әр түрлі тіршілік иелерінің геномдары, ортологиялық топтар), химиялық ақпарат (тірі организмдерде болатын химиялық реакциялар туралы мәліметтер) және адам денсаулығына тікелей қатысты ақпарат (адам аурулары, дәрі -дәрмектер және т. б. туралы мәліметтер) . KEGG сонымен қатар мәліметтер қорымен ыңғайлы жұмыс жасауға және онда сақталған ақпаратты талдауға арналған бірқатар құралдарды ұсынады .

KEGG веб -ресурсы 1995 жылы Жапонияда Kanehisa Laboratories қолдауымен құрылды. KEGG мәліметтер базасы үнемі жаңартылып отырады. KEGG жобасының негізгі мақсаты-алынған геномдық ақпаратты, тірі организмдерде болып жатқан биологиялық және химиялық процестер туралы мәліметтерді, адам аурулары мен ашық дәрілік заттар туралы білімді біртұтас тұтас біріктіру, әр түрлі биологиялық жүйелердің жоғары деңгейдегі ұйымдастырылуын түсіну.

... жалғасы

Сіз бұл жұмысты біздің қосымшамыз арқылы толығымен тегін көре аласыз.