Өсімдіктердің инфекциялық агенттерің анықтауда ПТР (полимеразалық тізбек реакциясы) әдісін қолдануы

Пән: Биология
Жұмыс түрі: Реферат
Тегін: Антиплагиат
Көлемі: 6 бет
Таңдаулыға:

РЕФЕРАТ

Тақырыбы: Өсімдіктердің инфекциялық агенттерің анықтауда ПТР (полимеразалық тізбек реакциясы) әдісін қолдануы.

Алматы 2015ж.

Жоспар

Кіріспе
Негізгі бөлім

2. 1 ПЦР жүргізу кезеңдері

Өсімдіктерде патогенді анықтауда ПЦР әдісін қолдану

Пайдаланылған әдебиеттер тізімі

Кіріспе

Тізбекті полимеразды реакция - молекулярлы биологиядағы экспериментальды әдістердің бірі. ТПР әдісінің негізінде бірнеше сағат ішінде бір ДНК немесе РНК молекуласының фрагментінен 100 млрд-тай ұқсас молекулалар алу мүмкіндігі жатыр. Осылайша өте кіші көлемде болатын генетикалық материалды зерттеу мүмкіндігі туады.

ТПР зерттеу затынан (су, азық-түлік, науқастан алынған зерттеу заты) таза дақыл бөліп алмай, ондағы микроб ДНК-сын табу арқылы микробты анықтауға мүмкіндік береді. Көбейтілетін ДНК препараты таза күйінде немесе әр-түрлі биологиялық заттардың қосындысы күйінде болуы мүмкін. Зерттеу материалы ретінде адам шашы, адам қанының жұғындысы және басқа да заттар қолданылады.

ТПР 1983 жылы америкалық биохимик Кэри Муллис анықтады. Ол бұл жаңалықты ерекше жағдайда Калифорния таулары арқылы автомобиль саяхатында анықтаған екен. Оның негізгі мақсаты ДНК-полимераза ферментінің көмегімен ДНК-ны амплифицирлеуші әдісті табу болды. Ең алғаш ТПР әдісі жөнінде 1985 жылы қараша айында Science журналында жарияланды. 8 жыл өткен соң атаулы еңбегі үшін Кэри Муллисқа Нобель сыйлығы берілген еді.

ПЦР жүргізу кезеңдері

Бұл рекцияны жүргізу үшін зерттеу затынан берілген микроб геніне спецификалы болып келетін ДНК-сын бөліп алады. Генді табу жинақтау арқылы іске асырылады. Ол үшін бастапқы геннің ДНК-сының 3-ұшына комплементарлы праймерлер болуы қажет. Геннің жинақталуы яғни амплификациясы келесі кезеңдерді қамтиды:

Денатурация сатысы.

Бұл кезеңде зерттеу затынан бөлініп алынған ДНК-ны 94-96С-та 0. 5-2 мин жылытады. Жылыту барысында ДНК жіпшелерінің арасындағы сутектік байланыстың үзілуіне байланысты ДНК 2 жіпшеге ажырайды.

Отжиг сатысы.

Праймерлерді қосады. ДНК мен праймер қоспасын суытады. Бұл кезеңнің ұзақтығы 0. 5-2 минут. Осы кезде іздеп отырған ген ДНК-лы қоспада бар болса праймерлер оның комплементарлы бөлімдерімен байланысады.

Элонгация сатысы.

Бұл сатыда ДНК мен праймер қоспасына ДНК-полимераза мен нуклеотидтерді қосады. ДНК-полимеразаның іске қосылуына оптимальды температура қажет. Міне осындай жағдайларда ДНК генімен праймерлер комплементарлы болса, нуклетидтер праймердің 3-ұшына қосылып, нәтижесінде геннің көшірмесі синтезделеді. Бұл саты 7-10 мин созылады. Бұдан кейін цикл қайталанады, осы кезде геннің ДНК-ның саны әр жолы екі есеге көбейіп отырады. Реакция арнайы құрал - амплификаторларда жүргізіледі.

ПТР жүргізуге арналған құрылғы - амплификатор

Нақты уақытта ПТР-дің артықшылығы:

- жоғарғы сезімталдығы, ерекшелігі, жан-жақтылық, жеңіл орындалуы, сенімділік қортындысы және төменгі қақымен;

- уақиғаларды болдырмауының кепілі;

- ПТР зертхана бөлмелерінің санының қысқартылуы;

- технологиялық үдерісті және талдау уақытын қысқарту;

- автоматтандыру және стандарттау қорытындысын тіркеу.

Генді клондау - генинженерияда геннің көшірмелерін алуда қолданылады. Ең алдымен ДНК материалы алынады да ТПР жүргізіледі. Көп мөлшерде геннің көшірмелері алынады. Одан кейін генді плазмидаға енгізеді. Гені бар плазмиданы ағзаға енгізеді. Геннің көптеген көшірмелері алынады.

ДНҚ хромосомасы
ТПР
көшірмелер
Плазмида

5-6. Геннің плазмадаға енуі

7. В ағзада А ағзаның гендерінің көбеюі

Патогендерді соның ішінде фитопатогендердерге жоғары эффективті тестілеу жүргізу ПЦР негізделеді (Bartlett, Stirling, 2003) . Қарапайымдылығы, сезімталдығы және сараптама нәтижесін жақсы беруі, ерекшелігі өте тез перспективті диагностикалық әдістердің біріне алып келді. Сараптаманың серологиялық және дәстүрлі әдістерінен айырмашылығы ПЦР әдісі қоздырғыш инфекциясының қатысын тура тауып, патогенді анықтауда нуклеин қышқылдарының тізбегінің ерекшелігін көрсетеді, Сонымен қатар ПЙР әдісі өзінің сезімталдығына байланысты патоген геномдарының жекеленген көшірмелерін алуға мүмкіндік беретін тиімді әдіс боып табылады. Әсіресе қиын дақылданатын (культивируемых), дақылданбайтын (некультивируемых) және летентті инфекциялармен жиі тоғысу болып тұратын микроорганизмдердің жасырын формаларының диагностикасында тиімді болып келеді. ПЦР технология лабораториялық жағдайда осындай микроорганизмдердің өсіруге байланысы қиындықтарды туғызбайды. Сонымен қоса ПЦр әдісін қолдану үлгі сараптамасын жасауда уақытты үнемдеуге көмектеседі. Автоматизация есебінен амплификация 1-2 сағатты ғана, ал алдын ала дайындау және нәтижелерді тіркеу, барлық процесстер көп болса 4 сағатты алады. Жоғарыда айтылғандардан бөлек ПЦр әдсімен қазіргі уақытта қоздырғыштарды сапалы түрде анықтауға да болады.

ПЦР жоғары сезімталдығы әдістің артықшылыңы және кемшілігі де яғни жалған оң және жалған теріс мәліметтердің табылуы болып табылады.

Пайдаланылған әдебиеттер тізімі